En algunas ocasiones, el problema es causado porque en dicho directorio se guardan instantáneas de volumen, para ver el espacio que ocupan dichas instantáneas podemos ejecutar el comando:
vssadmin list shadowstorage
Nos mostrará los almacenes y el tamaño ocupado por los mismos, por ejemplo:
En nuestro ejemplo tenemos 9GB ocupados en nuestro disco C, si queremos limitar el espacio que se destinará a las instantáneas podemos ejecutar el comando:
vssadmin resize shadowstorage /For=C: /On=E: /MaxSize=2GB
O bien lo podemos configurar en los menús de la unidad de disco desde el entorno gráfico, eliminarlas, etc: