La versión de Adobe Reader DC 2015.016.20039 no firma correctamente los documentos con un certificado digital.
Hay que desinstalarla e instalar esta versión:
AcroRdrDC1500820082_es_ES (Adobe Reader DC 2015.008.20082)
Y desactivar las actualizaciones automáticas. Creando una clave de registro:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Adobe\Acrobat Reader\DC\FeatureLockDown]
“bUpdater”=dword:00000000